1876（明治9）年11月29日入船町の学校、住宅、礼拝堂は大火により壊滅状態となり、立教学校はわずか2年で中断してしまいました。
中断している間、ウィリアムズ主教は翌年、入船町の住居に自ら校長となり三一神学校を、さらに深川に聖三一教会を竣工、クーパーには神田基督教会を竣工さえ、ブランシェーには湯島に立教女学校を開校させ、東京での女子教育を始めました。 1878（明治11）年11月、聖テモテ学校の教師J.H.クインビーが上京、立教を私塾から再スタートさせ、半年後1879（明治12）年6月、京橋の日本家屋で本格的に再興しました。 しかし、12月には再び火事があり、校舎は無事だったものの、ウィリアムズ主教の家が焼失しました。
1880（明治13）年8月。体調の悪化によりクインビーが帰国、ウィリアムズ主教は、度重なる校舎の損失から、アメリカ聖公会に建築家であり、文学と科学に造詣の深い人物派遣を要請しました。そして、10月、新たにハーバード大学卒業の若い建築家J.M.ガーディナーが校長兼教師として来日しました。
ウィリアムズ主教は、その頃から1882（明治15）年にかけて、居留地に米国人信徒からの寄付と私財で土地を購入していました。
アメリカ聖公会からの建設費支出の連絡があり、この土地にアメリカのカレッジのように立派な施設群を計画しました。
1882（明治15）年6月英名を「セント・ポールズ・スクール」とし、年末にはガーディナーが設計した、ゴシック風レンガ建て総三階の豪華な新校舎を完成させました。これにともない立教学校は閉校、「立教大学校」を新設しました。この校舎は、三階が寄宿舎になており、三一神学校との併用でした。これを立教の第一次学政改革と言っています。 1882年築地に移転していた立教女学校も1884（明治17）年、ガーディナー設計の校舎を新設し、聖三一大聖堂、宣教師館、三一神学校などの立教の関係の洋風建築群が次々と施設が建設されていきました。 なお、ウィリアムズ主教は、1889（明治22）年にさらに土地を購入し続け、また後継者のマキム主教も1893（明治26）年に購入をすすめ、最終的には築地居留地の約4分の1を立教と三一教会の関係施設で占めていました。 ※イラストは、築地居留地の立教の洋風建築群

立教大学校となった頃から、日本の教育制度が整備されだしました。初等、中等、高等教育に分かれ、それぞれに上級学校へ進学するための資格が関わるようになったのです。立教大学校の構想がこれに合わなくなり、また、国粋主義が広がりだした事によるによるキリスト教への圧力も加わり、徐々に生徒数が減っていきました。1887（明治20）年3月、大阪英和学舎は生徒数の減少から存続が難しくなり、立教大学校へ合併されました。
生徒数は1886（明治19）年の91名をピークに減り始め、1890（明治23）年には26名になりました。
あまりに外国的過ぎた運営だったため、立教大学校や三一神学校の学生から改革運動がおこり、ウィリアムズ主教とガーディナー校長はこれを受け入れました。
1890（明治23）年10月、立教大学校は名称を「立教学校」に戻し、カレッジ構想を断念し、日本の教育制度に合わせ、尋常中学3年と高等中学2年に相当する5年制とし、英語、英文学、世界史以外の科目は日本人教師が担当することになりました。これが立教の第二次学政改革です。
※イラストは立教大学校（のちに立教学校）

日本で伝道活動をしている聖公会の組織は、アメリカ聖公会の他に、イギリスから来た2つの聖公会がありました。
1887（明治20）年2月11日、大阪川口の三一神学校において、3つの聖公会が集まりウィリアムズ主教を議長に創立総会を開き、日本聖公会が設立しました。
2年後の1889（明治22）年4月、第2回総会もウィリアムズ主教を議長として今度は立教大学校で開かれました。これを機に、60歳になるウィリアムズ主教は引退を決め、これからは一介の宣教師として過ごすべく、アメリカ聖公会に主教職辞任を申し出、10月18日承認されました。同時に、立教関係と三一神学校も退任することになりました。
この年、大日本帝国憲法が公布され、翌年には教育勅語がだされ、立教にとって大きな転換期にさしかかりました。
※写真は日本聖公会、創立総会の記念写真

1891（明治24）年、ガーディナー校長が辞任し、ロー校長を経て、翌年T.S.ティングが校長に就任しました。1893（明治26）年には、J.マキムが主教に就任、同時に立教学校の設置者となりました。
当時の新入生は、すでに漢文・英語・数学などの基本を学んでいた生徒が多く、高等小学校を卒業した程度の生徒は授業についていけませんでした。そのため、幼年科を設けていましたが、それを補充科（1年以上）とし、今までの5年制を普通科5年、その上に、大学のように高度な専門教育とキリスト教を教える専修科3年を置く3段階の体制にする第三次学政改革が計画されました。
徐々に体制が整いつつあった1894（明治27）年、大地震がおきました。それにより校舎が崩れてしまい、新体制は、三一会館を仮校舎として同年9月より始まりました。
翌年、ガーディナーによる最新の注意を払った耐震設計による新校舎と寄宿舎の工事が開始され、1896（明治29）年、完成しました。
新校舎と新規宿舎は、1階がレンガ積み、2階以上は軽量の木造でした。新校舎の中央に5階建ての塔があり、立教生には「六角塔」と親しまれ、正に立教のシンボル的な存在となりました。
この塔の礎石は、現在、立教池袋中高の正門を入ったところに展示されています。

1899（明治32）年9月、キリスト教教育をできない中学校も、キリスト教教育のできる寄宿舎、2つの専修学校を含めて同じ組織である事を意味するため、この4つに共通して「立教学院」の名称を付けることになりました。それまで、全体統括していた立教学校総理ロイドは、立教学院総理となり、私立立教中学校は11月7日「私立立教学院立教中学校」への改称が認可されました。
なお、同じ敷地内にある三一神学校は、立教学院には含まれませんが、のちに開校する立教大学とは平行履修や教授の兼任など、関わりが続いていきます。
立教中学校は生徒数を増やしていきましたが、その上位校である立教専修学校は生徒数を減らし続け、1900（明治33）年、閉校してしまいました。東京英語専修学校は、順調に生徒数を伸ばしていたにもかかわらず、立ち退きを余儀なくされ、1903（明治36）年、閉校することになりました。 立教学院の学校は立教中学校だけになりましたが、その年の生徒数は520名にまで増えていました。また、高等学校の合格者も多くなり、進学校として人気を高めていきました。
1903（明治36）年4月、東京帝国大学に招聘されたロイドに代わり、第2代立教学院総理となったH.S.G.タッカーは、この年3月に専門学校令が制定されたのを機に、ウィリアムズ主教が望んだカレッジ、立教大学の設立準備に着手しました。
1907（明治40）年早々、大学のために新築された校舎が完成し、開校の準備は整いました。2階建てで、1階が大学教室、2階は約800人収容できる中学校と共用の学院講堂になっていました。
8月、「私立立教学院立教大学」が認可され、9月17日始業式が行われました。当時は専門学校でも予科を設ければ大学を名のることができたのです。大学令で正式に大学に昇格したのは1922（大正11）年です。
なお、立教大学開校の前年1906（明治39）年4月、清国人留学生のために「志成学校」（三一会館を利用、校長タッカー）を開設しています。この学校に関しては、あまり資料が残っておらず、1917（大正6）年頃まで続いたようです。
※写真は1907年5月19日、立教大学校舎兼学院講堂